Convey versnelt DNA-onderzoek aanzienlijk

Bij het rekenwerk moet worden vastgesteld hoe de kleine stukjes DNA elkaar overlappen en waar zij in het grote geheel van een genoom passen. De De Bruijn-grafieken versnellen dit proces aanzienlijk. Het probleem is wel, dat de opbouw van zo’n grafiek op traditionele hardware niet al te snel gaat. Convey heeft dat ondervangen door een aangepaste rekenbasis te ontwikkelen in de vorm van Field Programmable Gate-Arrays (FPGA).

De FPGA worden specifiek geprogrammeerd om met De Bruijn-grafieken om te kunnen gaan. De hardware heeft verder een enorme parallelle verbinding met het geheugen, zodat in één keer 8192 woorden uit het geheugen kunnen worden gelezen. Ook dat draagt bij aan de zeer hoge snelheid waarmee het systeem een genoom kan reconstrueren.