Supercomputer Sara uitgebreid

"Als de twee partities zouden worden samengevoegd tot een enkel systeem met 1024 processoren, dan zou de score in de Top­500 een stuk hoger zijn geweest. Het kost echter tijd om dat op te bouwen, temeer daar SGI maar een configuratie tot 512 processoren standaard ondersteunt. Die tijd wil Sara liever gebruiken voor wetenschappelijk gebruik van het systeem dan voor het krijgen van een hoge notering in de ranglijst", zegt Luc van der Ham van SGI Nederland. Processoren erbij De Teras zal in de loop van 2003 nog aan kracht winnen door het bijplaatsen van extra rekeneenheden. "Er staat een uitbreiding gepland, die medio 2003 zijn vaste vorm moet krijgen. Wat er precies bijkomt, ligt nog niet vast, wel is zeker dat het om een stevige uitbreiding gaat", aldus Patrick Aerts, directeur van de NCF, dat de onderhandelingen over de uitbreiding voert. De Nationale supercomputer staat open voor gebruik door alle wetenschappelijke disciplines in Nederland. "De faculteit chemie blijkt het best uit de voeten te kunnen met de Teras", zegt Aerts. Zij hebben al geruime tijd simulatiesoftware die parallel van karakter is en dus ook heel goed draait op een parallel systeem, zoals de Origin 3800. Er zijn ook sectoren die nog veel te weinig gebruik maken van de beschikbare rekenkracht, zoals aardwetenschappen en de milieu­opleidingen. Die groepen lopen echt een achterstand op, als ze niet oppassen." Niet iedere wetenschapper kan zomaar overweg met de hardware die Sara tot zijn beschikking heeft. Een bijzondere opgave is het gebruik van de Computer Aided Virtual Environment (Cave), een projectiekamer waarmee een academicus middenin zijn eigen computermodellen kan staan, zitten of rondlopen. Om het gebruik van die Cave te stimuleren, wordt de ondersteuningsovereenkomst verlengd. Dit houdt in dat NCF 600 uur begeleiding voor de Virtual Reality­systemen betaalt. Deze regeling geldt tot het eind van 2004. Genetisch materiaal Een opvallend project dat dit jaar tot stand is gekomen, is het in kaart brengen van het menselijk genetisch materiaal. Aerts: "De basis voor dit Huge Genomics­project is in een recordtijd van 80 dagen afgerond. Qua rekencapaciteit is er in die 80 dagen een hoeveelheid van 520.000 processor­uren ‘doorheen gejaagd’. Aan de uitwerking van het hele project hebben de wetenschappers de komende vier jaar nog werk. Ze hebben nu nog 80.000 processor­uren over." Het NCF en Sara leggen de komende tijd het accent op een nieuwe tak van sport, die de naam e­science draagt. "Anders gezegd: het is een manier om wetenschappers en wetenschappelijke gegevens bij elkaar te brengen, zonder dat er overmatig gereisd hoeft te worden. In onze optiek is e­science de bovenlaag van een constructie waarvan de basis wordt gevormd door de kale intranet­infrastructuur. De middenlaag bestaat uit ofwel het WWW, dan wel specifieke programmatuur, middleware. In het Verenigd Koninkrijk staat e­science in het middelpunt van de belangstelling, iets wat we in Nederland ook zullen beleven", aldus Aerts. De ontwikkelingen die in Groot­Brittannië zijn gedaan door het JISC, de Britse tegenhanger van de stichting Surf, zullen dienen als aansprekend voorbeeld voor Nederland.