Supercomputer zorgt voor doorbraak HIV-onderzoek
Het onderzoek is gedaan aan de universiteit van Illinois, waar ze de beschikking hebben over Blue Waters, een van de snelste computers ter wereld. Het apparaat valt in de petascale-klasse en is in staat een miljoen miljard berekeningen met drijvende komma per seconde uit te voeren. Die rekenkracht was essentieel bij het ontrafelen van de chemische structuur van het HIV-virus.De onderzoekers waren vooral geïnteresseerd in de opbouw van de zogeheten capsid, de omhulling van het virus.
Shutterstock
Shutterstock
Mogelijke bestrijding
De omhulling van het virus bestaat uit eiwitten in een speciale onderlinge samenhang. Als die structuur beter wordt begrepen wordt het wellicht mogelijk om een stof te vinden die die omhulling kapot kan maken. Op die manier wordt het virus effectief bestreden. Professor Klaus Schulten, leider van het onderzoek, zegt: "Het uiteenrafelen van de capsid was een gigantische klus. Zonder een supercomputer was het niet mogelijk geweest om de opbouw van het virus tot op atomair niveau te bepalen."
Werken via simulatie
Samen met postdoctoraal onderzoeker Juan R. Perilla bouwde Schulten een simulatiemodel. Dat model werd gevoed met meetresultaten die werden geleverd door andere universiteiten en onderzoeksinstituten. Het model werd steeds aangepast, zodat de simulatie dezelfde uitkomsten gaf als de meetresultaten uit de praktijk. Op die manier groeit het model als het ware naar de werkelijkheid toe.
Gerelateerde artikelen
Gerelateerde artikelen
Reacties
Om een reactie achter te laten is een account vereist.
Inloggen Word abonnee